מערכת אחסון אנרגיה היא פרויקט מורכב. דרישות, תכנון וניהול בלתי מספקים בשלב המוקדם של הפרויקט הובילו לשינויים תכופים בשלב מאוחר יותר, המשפיעים על הרציונליות הכוללת של המערכת. להלן מספר בעיות נפוצות.
נתיך בתוך אשכול. בדרך כלל, הפתיל של אשכול הסוללות מסודר בקופסת המתח הגבוה מחוץ לאשכול. כאשר מתרחש קצר חשמלי בתוך מקבץ הסוללות, לא ניתן להפעיל את התקן ההגנה מפני זרם יתר מקצר מחוץ למקבץ הסוללות בזמן, מה שגורם לתאונות כגון שריפה בסוללה. הוספת נתיך בתוך אשכול על בסיס הפתרון המקורי, הממוקם באמצע אשכול הסוללות, יכולה למעשה לצמצם את האזור העיוור שלא ניתן להגן עליו כאשר מתרחש קצר חשמלי במקבץ הסוללות. שפר את הבטיחות של פעולת התחזוקה הקבוצתית.
תצורת קיבולת הסוללה. ביישומי טעינה ופריקה בקצב גבוה, כגון יישומי אפנון תדרים, בקרת שיגור המערכת מבוססת על הספק כיעד הבקרה, בעוד שמאפייני הסוללה מבוססים על זרם. כאשר מתח הסוללה נמוך מערך מסוים, ההספק נשאר ללא שינוי, והזרם יעלה על קצב הטעינה והפריקה בתכנון של תא הסוללה. כאשר הסוללה נמוכה מהמתח הנומינלי, על מנת למנוע מזרם הטעינה והפריקה של הסוללה להיות גדולים מדי, יש להגביל את ערך הזרם. כאשר מתח הסוללה גדול מהמתח הנומינלי, ההתנגדות הפנימית עולה, היעילות יורדת, וייצור החום גדול כאשר מתח הסוללה גבוה, ולכן יש להגביל את הערך הנוכחי לעבודה.
מערכת בקרה גיבוי מיותר כפול. חלק הבקרה של מערכת אפנון תדר אחסון האנרגיה מאמץ תכנית עיצוב מיותרת כפולה. כאשר מתרחשת בעיה במערכת, היא עוברת אוטומטית לשרת הגיבוי להפעלתו, מה שמבטיח פעולה יציבה ואמינה לטווח ארוך של מערכת אפנון התדרים.
איזון בין יתרונות אפנון תדרים של AGC ועלויות אובדן סוללה. אם ניקח לדוגמה את אפנון תדר ה-AGC של סין, היתרונות נובעים מהפיצוי המתקבל על ידי הגדלת מדד Kp לאחר הוספת מערכת אחסון האנרגיה. מערכת אחסון האנרגיה יכולה להגביר את קצב הוויסות, את דיוק הוויסות ולהפחית את זמן התגובה. כל התאמה תגרום לאובדן חיי מערכת הסוללות, כלומר עלות ההתאמה. יש צורך לאזן בין עלות ההתאמה לבין פיצויי ההתאמה כדי למקסם את התועלת. בנוסף, בשילוב עם מנגנון הערכת אפנון התדר, התפוקה מצטמצמת במרווח ללא הערכה כדי להפחית את אובדן הסוללה.
רישום תקלות. לאחר שמתרחשת תקלה במערכת או בציוד באתר, יש צורך לנתח את הסיבה האפשרית לכשל בהתבסס על רישום אירועי התקלה, וצורת גל התקלה יכולה לנתח בצורה מדויקת יותר את הסיבה באותה עת, אך כעת קשה לשחזר את התקלה, מה שמקשה על פתרון הבעיה המלאה. יתרה מכך, האוסילוסקופ יקר יחסית ולא נוח לנשיאה. כאשר מתרחשת תקלה, צורות הגל של צורות גל מסוימות שנקבעו מראש לפני ואחרי התקלה מתועדות כדי להקל על ניתוח הגורם לתקלה.